تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية في الوقت الراهن ما يزيد عن 200 مدرسة وبرنامج تعليمي. حيث قامت بتوفير أجود الخدمات التعليمية للطلاب في إفريقيا وآسيا والشرق الأوسط، لمراحل التعليم ما قبل الابتدائي والابتدائي والثانوي. وقد أُسس نظام الخدمات الحالية من قبل السير سلطان محمد شاه الثالث، الذي قام بإنشاء أكثر من 200 مدرسة خلال النصف الأول من القرن العشرين. كانت أولها عام 1905 في موندرا وجوادار في جنوب آسيا، وفي زنجبار في شرق إفريقيا. ويستفيد اليوم أكثر من 85 ألف طالب من خدمات مدارس وبرامج الآغا خان التعليمية.