بدأ برنامج المدن التاريخية في عام 2004 بترميم المسجد الكبير الموجود بمدينة موبتي في مالي. وتوسعت أعمال الترميم لتشمل الصرف الصحي، ورصف الشوارع، والرعاية الصحية وغيرها من الإجراءات في منطقة كوموغويل المجاورة. وقام البرنامج بتوسيع عمله منذ عام 2006 ليصل إلى تمبكتو، حيث تم ترميم مسجد دجينغاريبر، وإلى دجينيه، حيث بدأت أيضاً عملية ترميم المسجد الكبير هناك. ومن المتوقع أن تتوسع البرامج في كل بلدة لتصل إلى المناطق المجاورة.
أنشئت طرق قوافل الجمال بحلول عام 300 م في جميع أنحاء غربي إفريقيا، ليتم بذلك ربط مدن غربي إفريقيا بأوروبا والشرق الأوسط. وباتت تمبكتو وغاو ودجينيه – جميع المدن الرئيسية على طول طرق غربي إفريقيا – مراكز ثقافية وتجارية هامة. وتم توفير المدارس والجامعات في المدن الرئيسية بالتزامن مع بناء المكتبات الواسعة.
يعتبر المسجد، الذي تم إدراجه رسمياً على لائحة التراث الثقافي للدولة في عام 2005، من الأبنية الترابية الفاخرة التي تم بناؤها على الطراز السوداني التقليدي بين عامي 1936 و1943، علماً بأنه تم بناء هذا المسجد على موقع مسجدٍ سابق يعود تاريخ بنائه إلى عام 1908.
في أعقاب العمل في تمبكتو، بدأ صندوق الآغا خان للثقافة بأعمال ترميمٍ شاملة لمسجد دجينغاريبر في تمبكتو في نهاية عام 2006. ويعتبر المسجد، الذي تم بناؤه في القرن الرابع عشر، البناء الترابي الأقدم في الدول الإفريقية الموجودة جنوب الصحراء الكبرى. وبوضعه رسمياً على لائجة التراث الثقافي في مالي، فقد تم إدراج المسجد على قائمة مواقع التراث العالمي من قبل منظمة اليونسكو في عام 1988.
تعتبر دجينيه، التي أسسها التجار في القرن التاسع (بالقرب من موقع مدينةٍ قديمة يعود تاريخ إنشائها إلى عام 205 قبل الميلاد) أقدم المدن المعروفة في الدول الإفريقية الموجودة جنوب الصحراء الكبرى. وتم إدراج مركزها التاريخي، الذي ما يزال فيه ما يزيد عن 2000 منزل تقليدي، على قائمة مواقع التراث العالمي من قبل منظمة اليونسكو. وبدأ عمل صندوق الآغا خان للثقافة في دجينيه في عام 2006، عندما كشفت دراسة أوليّة أجريت على المسجد الكبير أنه معرضٌ لخطر الانهيار على الرغم من عملية الصيانة السنوية المعروفة جيداً.