Службы Ага Хана по образованию (AKES) были открыты в Индии в 1986 году, а первая Школа Ага Хана открылась в Мундре, штат Гуджарат, ещё в 1905 году. В настоящее время под управлением AKES находится восемь школ, два дошкольных учреждения, одно общежитие и 17 дневных центров раннего развития детей в штатах Гуджарат, Махараштра и Телангана. В рамках соответствующих проектов Службы Ага Хана по образованию ежегодно оказывают ориентированные на ребёнка образовательные услуги 8500 учащимся. За всё время работы в Индии школы AKES выпустили более 65 500 учеников.
В ответ на необходимость поддержки развития детей и повышения осведомлённости родителей учащихся в первом поколении Службы Ага Хана по образованию приступили к реализации Программы по развитию сельского образования. Программа предусматривает создание дошкольных образовательных центров и модернизированных сельских центров начального образования в Гуджарате и Махараштре, которые применяют «Шишу Пахель Паддхати» — методику обучения, поощряющую детскую инициативу. Данная методика получила дальнейшее распространение, особенно в штатах Бихар и Уттар-Прадеш, и в настоящее время используется АКДН в рамках программы по развитию государственного детского дошкольного центра в Гуджарате.
Фонд Ага Хана работает в партнёрстве с правительственными структурами, школьными учителями, родителями и местными сообществами, разрабатывая малозатратные инновационные решения в целях улучшения качества государственного школьного образования и повышения его доступности. Инициативы Фонда Ага Хана по совершенствованию школ в Индии охватывают свыше 91 000 детей в Бихаре, Уттар-Прадеше, Гуджарате и Телангане (Хайдарабад). В рамках данных инициатив проводятся мероприятия по подготовке педагогов государственных школ и по усовершенствованию образовательной среды посредством внедрения учебных материалов, ориентированных на ребёнка. Кроме того, AKF оказывает содействие комитетам по управлению школами в целях более активного вовлечения родителей в процессы обучения детей и оптимизации школьного управления. В рамках Комплексной инициативы АКДН в области санитарии в настоящее время осуществляется ремонт санитарно-технического оборудования с упором на обеспечение надлежащих санитарно-гигиенических условий для девочек, установку колонок для питья и мытья рук и целенаправленную пропаганду гигиены.
Академия Ага Хана в Хайдарабаде была основана в 2011 году и стала вторым учреждением в запланированной сети из 18 школ в 14 странах с классами от подготовительного до двенадцатого (по модели K-12). В ней осуществляется обучение талантливых учащихся из всех слоёв общества, способных стать местными лидерами и добиться социальных перемен. Отбор учащихся проводится на основе их академических заслуг независимо от социально-экономического происхождения, расы, религии или культуры. Для обеспечения доступа к образованию учащимся оказывается финансовая помощь. В Академии осуществляется качественное обучение девочек и мальчиков с подготовительного по двенадцатый класс в соответствии с программой Международного бакалавриата. Их готовят к лидерству и служению своему народу. Академия аккредитована в качестве школы Международного бакалавриата, а также входит в сообщество школ Microsoft Showcase Schools.
Академии Ага Хана также активно работают над повышением уровня образования в регионах своего расположения. При кампусе Академии в Хайдарабаде работает Центр профессионального развития, который содействует повышению качества преподавания в регионе в рамках проведения профессиональной подготовки педагогов государственных школ.