O sistema de saúde da AKDN tem criado hospitais, clínicas e programas comunitários de saúde na África Oriental há mais de 80 anos. Estas instalações funcionam como “polos” para o Sistema de Saúde Integrado para a África Oriental em expansão da AKDN na região, que se dedica a fornecer cuidados de saúde de elevada qualidade com preços acessíveis a populações economicamente diversificadas. Para tal, envida esforços para transformar sistemas de cuidados em três áreas: prestação de serviços, educação e investigação.
Os Serviços Aga Khan para a Saúde gerem hospitais certificados de elevada qualidade em conformidade com a norma ISO 9001 em Mombaça e em Kisumu, incluindo serviços de diagnóstico topo de gama. O Hospital Universitário Aga Khan em Nairobi, o primeiro hospital multirracial no Quénia, é um hospital terciário com 280 camas e um hospital universitário. Não tem fins lucrativos, mas é autossustentado financeiramente e foi o primeiro hospital na África Oriental e Central a receber a acreditação da Joint Commission International.
O Hospital Universitário Aga Khan em Nairobi (AKUH-N) é um centro de referência importante para a África Oriental, com especialistas de alto gabarito, serviços de diagnóstico avançados e equipamento topo de gama. A AKUH-N é o mais abrangente hospital privado na África Oriental com mais de 60 serviços e um Centro de doenças cardíacas e oncológicas que fornece cuidados oncológicos especializado e cuidados cirúrgicos interventivos cardíacos e de coração aberto. A AKDN gere também mais de 70 centros de saúde que estão estreitamente ligados aos três hospitais através de um modelo radial. Esta continuidade de atividades de cuidados de saúde, de hospitais primários a terciários, representa a base de um sistema de saúde integrado que garante a prestação de serviços atempados e de elevada qualidade no local ideal.
Desde 1983, o Departamento de Saúde Comunitária da Rede tem sido pioneiro na criação de práticas de cuidados de saúde primária no país. Trabalha em parceria com organizações de saúde sociais a nível comunitário, ONG e o Ministério da Saúde para dar formação e apoio técnico, do nível ambulatório ao nacional. O Departamento de Saúde Comunitária criou também unidades comunitárias e promove a maternidade segura ao melhorar os serviços de saúde materna e infantil em 14 instituições de saúde governamentais específicos, facilitando o acesso a uma população de mais de 150 000 pessoas em vários sub-condados da Província Costeira. As lições aprendidas sobre as melhores práticas são disseminadas a nível nacional para replicação noutras áreas. A Fundação Aga Khan deu formação a cerca de 600 funcionários de saúde comunitários para fornecer intervenções preventivas e curativas sobre iniciativas de saúde materna e infantil a nível comunitário e da pré-primária. Insiste-se particularmente na promoção de modelos de cuidados infantis sustentáveis através do reforço da capacidade de centros domésticos e de creches para crianças com menos de três anos.
No Quénia, a Universidade Aga Khan educa e forma enfermeiros e médicos especialistas, incutindo-lhes a noção de responsabilidade social e compromisso para servirem as respetivas comunidades. A Escola de Enfermagem e Obstetrícia inclui um Bacharelato em Ciências de Enfermagem Pós-ED e um Diploma Superior em Enfermagem Oncológica para enfermeiros licenciados, que lhes permite continuar a trabalhar e a prosseguir o desenvolvimento profissional.
O programa Educação Médica de Pós-graduação da Faculdade de Medicina forma médicos especializados em medicina interna, cirurgia, anestesiologia, pediatria, obstetrícia, ginecologia, medicina familiar, radiologia e patologia. Oferece também formação sobre cardiologia, cirurgia cardíaca, doenças infecciosas e saúde da população. Mais de 160 médicos concluíram uma formação avançada na AKU no Quénia.