A AKDN e o governo da Malásia têm sido parceiros em várias iniciativas, incluindo a Conferência de 2007 sobre o Ambiente Estimulador para o Afeganistão e o desenvolvimento de capacidades no sector de saúde do Afeganistão (com o Contingente Médico das Forças Armadas da Malásia).
A AKDN em
Desde 2007, as agências da Rede Aga Khan para o Desenvolvimento têm estado envolvidas em vários intercâmbios colaborativos com instituições na Malásia, nomeadamente nas áreas de revitalização e conservação urbana no património da UNESCO em George Town, Penang.
Têm trabalhado em conjunto com o Ministério da Saúde da Malásia e as delegações da Ásia Central e do Médio Oriente para melhorar a prestação de serviços de saúde e de medicina familiar. Também colaboraram nas áreas da formação em arquitetura, planeamento urbano e ensino superior (com instituições públicas e privadas em Kuala Lumpur e Selangor), desenvolvimento na primeira infância (com Kit Yayasan Chow em Kuala Lumpur) e desenvolvimento económico (com o Fórum Económico Mundial Islâmico).
No seguimento de um Memorando de Entendimento (MdE) assinado em 2013, o Fundo Aga Khan para a Cultura e a Think City Sdn. Berhad (Think City) - a operar com o apoio de agências de planeamento locais - prestaram assistência técnica para a proteção, desenvolvimento e melhoria da histórica George Town de Penang. Em 2015, foi assinado o Acordo de Colaboração na Gestão de Penang para o desenvolvimento da histórica George Town (Património Mundial da UNESCO), definindo os papéis e responsabilidades do Gabinete do Ministro de Penang, do Fundo Aga Khan para a Cultura e da Think City (uma agência do governo da Malásia encarregada do desenvolvimento do ambiente urbano).
No final de 2015, foi criada uma nova agência que engloba a colaboração das três entidades. Com a designação de Corporação de Conservação e Desenvolvimento de George Town, ou GTCDC, a primeira atividade da agência passou pela implementação de um projeto-piloto para a reabilitação da histórica Praça Arménia, que ficou concluída no início de Março de 2016. As atividades em curso incluem melhorias na Rua da Harmonia a norte da Praça Arménia, assim como a reabilitação da Orla Marítima Norte - incluindo o Forte de Cornwallis e o espaço aberto a oeste deste local histórico.
“Tesouros do Museu Aga Khan: Arquitetura nas Artes Islâmicas”, uma exposição itinerante de objetos e arte das coleções do Museu Aga Khan, decorreu entre 30 de Março e 29 de Junho de 2012 no Museu de Artes Islâmicas da Malásia em Kuala Lumpur.
Em Setembro de 2007, numa cerimónia realizada em Kuala Lumpur, Sua Alteza o Aga Khan anunciou os nove vencedores do Prémio Aga Khan para a Arquitetura de 2007.