En Afrique de l'Est, le système de santé du Réseau Aga Khan de développement (AKDN) permet de créer des hôpitaux, des cliniques et des programmes de santé communautaire depuis plus de 80 ans. Ces établissements servent de « noyaux » permettant d'étendre à la région le système de santé intégré en Afrique de l'Est de l'AKDN, qui fournit à une population économiquement hétérogène une couverture médicale de haute qualité à des prix abordables. Pour ce faire, le Réseau s'efforce de faire évoluer les systèmes de soins de santé existants dans trois disciplines, à savoir la prestation de services, l'enseignement et la recherche.
Les Services de santé Aga Khan (AKHS) exploitent des hôpitaux certifiés ISO 9001 à Mombasa et à Kisumu, qui proposent notamment des services de diagnostic ultramodernes. Le Centre hospitalier universitaire Aga Khan de Nairobi, le premier hôpital multiracial du Kenya, est un établissement tertiaire d'enseignement de 280 lits.
Les établissements de santé du Réseau Aga Khan de développement (AKDN) accueillent plus de 900 000 patients par an.
Le Centre hospitalier universitaire Aga Khan de Nairobi (AKUH-N) est un important centre de référence en Afrique de l'Est. Il emploie des spécialistes d'envergure internationale, propose des services de diagnostic avancés et dispose d'équipements de pointe. L'AKUH-N est l'hôpital privé le plus complet de la région, avec plus de 60 services et un centre de cardiologie et de cancérologie offrant des soins spécialisés en cancérologie, des services de cardiologie interventionnelle et des chirurgies à cœur ouvert. L'AKDN exploite également plus de 70 centres de santé de proximité, qui sont étroitement liés aux trois hôpitaux précédemment mentionnés au sein d'un réseau en étoile. Ce continuum d'activités de soins de santé, des soins primaires aux soins tertiaires, constitue la base d'un système de santé intégré qui assure une prestation rapide de services de haute qualité et adaptés au contexte.
Depuis 1983, le Département de santé communautaire (CHD) du Réseau est pionnier dans la mise en place de la pratique des soins de santé primaires dans le pays. Le CHD travaille en partenariat avec des organisations sanitaires et sociales communautaires, des ONG et le Ministère de la santé afin d'offrir une formation et un soutien technique dans de nombreux établissements, des dispensaires jusqu'au niveau national. Le Département a également mis en place des unités communautaires et favorise la maternité sans risque en améliorant les services de santé maternelle et infantile dans 14 établissements de santé publics choisis, facilitant ainsi l'accès à ces services à plus de 150 000 personnes dans plusieurs comtés de la province côtière. En outre, les enseignements tirés des bonnes pratiques sont diffusés à l'échelle nationale afin qu'ils soient reproduits dans d'autres domaines. La Fondation Aga Khan (AKF) a formé près de 600 agents de santé communautaires à des interventions préventives et thérapeutiques dans le cadre d'initiatives de santé maternelle et infantile au sein des communautés et des écoles primaires. Des modèles de garde d'enfants rentables sont mis en avant par le renforcement des capacités des services de garde à domicile et des garderies pour les enfants de moins de trois ans.
Au Kenya, l'Université Aga Khan (AKU) forme des infirmières et des médecins spécialistes en leur inculquant un sens de la responsabilité sociale et en leur apprenant à s'engager auprès de leurs communautés respectives.
La grande majorité des étudiants diplômés de l'école sont restés au Kenya. À compter de la fin 2018, l'AKU proposera également un diplôme en soins infirmiers et une licence en maïeutique. À ce jour, plus de 1 000 infirmières et infirmiers ont obtenu leur diplôme à l'AKU au Kenya.
Le programme postdoctoral de formation médicale de l'École de médecine forme des médecins spécialistes en médecine interne, chirurgie, anesthésiologie, pédiatrie, obstétrique et gynécologie, médecine familiale, radiologie et pathologie. Les étudiants peuvent également obtenir des bourses de formation en cardiologie, en chirurgie cardiaque, en maladies infectieuses et en santé publique dans le cadre de ce programme. Plus de 160 médecins ont suivi une formation avancée à l'AKU au Kenya.
