يمكن أن يكون للشراكات بين المؤسسات ذات التفكير المماثل فوائد كبيرة جداً، تتجلى في رفع مستوى البرامج التي أثبتت جدواها، وتعزيز عناصر البرنامج، إضافةً إلى مشاركة وتبادل أفضل الممارسات. على سبيل المثال، يمكن لإحدى المجموعات المبتكرة، ولكن تفتقر للخبرة أن تسهم في توسيع نطاق المشروع عبر الاستعانة بخبرات إحدى المنظمات الأخرى.
أقامت مؤسسة الآغا خان في أسوان بمصر شراكة مع وزارتي التعليم والتضامن الاجتماعي لتقديم برامج تنمية الطفولة المبكرة. وبناءً على خبرة مؤسسة الآغا خان في مجال تنمية الطفولة المبكرة في كل من إفريقيا وآسيا، تتطلع الشراكة إلى إيجاد طرق لتعزيز معدل التحاق الأطفال بمرحلة ما قبل المدرسة، التي تُعدّ منخفضة نتيجةً لعدم قدرة الأسر ذات الدخل المحدود على تحمّل الرسوم الدراسية السنوية.
تعتبر الشراكات أمراً بالغ الأهمية للمشاريع الرامية لتنمية المناطق، وهي غالباً ما تبدأ بالتجربة ولكن سرعان ما تصل بعد ذلك إلى مستوىً من النضج يُمكِّنها من التوسّع والنمو.
أقامت وكالات شبكة الآغا خان للتنمية في الكثير من الحالات شراكات مع وكالات محلية ودولية أخرى لمشاركة وتبادل خبراتها المحددة بهدف المضي قدماً بالمشاريع، أو لحشد الموارد المالية للوصول إلى برنامج أوسع وناجح، ولهذا وقّعت شبكة الآغا خان للتنمية اتفاقيات وبروتوكولات إستراتيجية مع الحكومات والمنظمات الثنائية والمتعددة الأطراف، فضلاً عن الجهات الفاعلة الأخرى غير الحكومية.