تتمثل مهمة برنامج الآغا خان للموسيقى في تعزيز تنمية التراث الموسيقي الحي في المجتمعات في جميع أنحاء العالم حيث يتمتع المسلمون بحضورٍ كبيرٍ، فضلاً عن نشر هذا التراث على المستوى الدولي من خلال التعاون مع موسيقيين وفنانين ومعلمين ومقدمي فنون مبدعين بشكل استثنائي.