تنشط شبكة الآغا خان للتنمية في مجال التعليم في آسيا منذ أكثر من قرن، وقد أُنشئت أُولى مدارس الآغا خان في موندرا وغوجارات وغوادر في بلوشستان عام 1905. ومنذ ذلك الحين، جرى تعليم آلاف الطلاب في مدارس الآغا خان في جنوب ووسط آسيا.
ولضمان بداية جيدة للمتعلمين الصغار، ساعدت مؤسسة الآغا خان في تهيئة بيئات تدعم التنمية الشاملة للأطفال بدءاً سن ما قبل المدرسة، ونتيجةً لذلك، تم الاعتراف بنموذجها لتنمية الطفولة المبكرة، واعتماده على الصعيد الوطني في أفغانستان وطاجيكستان وجمهورية قيرغيزستان.
تعمل المؤسسة أيضاً بالشراكة مع الهيئات التدريسية في المدارس الحكومية وأولياء الأمور والمجتمعات المحلية لرفع مستوى التعليم في الفصل. يواصل في كل عام مئات الآلاف من الأطفال ممن هم في سن الدراسة الالتحاق بالفصول العليا في ظل انخفاض معدلات التسرب وتحقيق مكاسب أكبر في التعلم. كما يستكمل آلاف المعلمين التدريبات أثناء الخدمة التي تساهم في تحسين مهاراتهم وتزيد من ثقتهم.
منذ عام 2011، يدرس الطلاب الموهوبون في أكاديمية الآغا خان في حيدر أباد، الهند، الذين ينتمون للمجتمعات المهمّشة والمُمثلة تمثيلاً ناقصاً والذين تم اختيارهم للأكاديمية، المناهج الدراسية الصارمة للبكالوريا الدولية ليصبحوا قادة المستقبل.
أصبحت جامعة الآغا خان في كراتشي أول جامعة دولية خاصة في باكستان عام 1983، وهي تلقى الاعتراف كجامعة رائدة في مجال الأبحاث الطبية في المنطقة. تعتبر كلية التمريض والقبالة التابعة لجامعة الآغا خان رائدة على المستوى الوطني منذ أكثر من 30 عاماً، ولعبت دوراً رئيسياً في تحسين سمعة وممارسة مهنة التمريض. يشغل خريجو معهد جامعة الآغا خان للتنمية التعليمية – تشكّل نسبة النساء أكثر من النصف - مناصب مهمة في أنظمة التعليم العام والخاص، ما يمكّنهم من تبنّي وتنفيذ سياسات وإصلاحات جديدة تؤثر على أعداد كبيرة من الطلاب.
تقدم الفروع الثلاثة في خوروغ (طاجيكستان)، نارين (جمهورية قيرغيزستان)، وتيكيلي (كازاخستان)، التابعة لجامعة آسيا الوسطى، برامج لشهادات البكالوريوس والدراسات العليا، فضلاً عن دورات التطوير المهني والحرفي للشباب والكبار.
