A AKDN em Portugal procura promover o diálogo e a colaboração com os Países de Língua Portuguesa.
Em Moçambique, as atividades da AKDN começaram em 1998, após o estabelecimento de um Acordo de Cooperação com o governo de Moçambique.
A Fundação Aga Khan opera em Moçambique desde 2001, trabalhando nas áreas da agricultura, educação, saúde, empreendedorismo, sociedade civil, ambiente, e água e saneamento. Atualmente, a Fundação está presente em 190 aldeias (de um total de 195) de cinco distritos da província de Cabo Delgado, beneficiando mais de 197 000 moçambicanos. Esta atividade programática é realizada em colaboração com o Instituto Camões (Cooperação Portuguesa, anteriormente designado como IPAD). A Fundação também administra o programa de desenvolvimento do Instituto Agrícola de Bilibiza.
As agências da AKDN estão igualmente presentes em Moçambique, como o Fundo Aga Khan para o Desenvolvimento Económico, com o Hotel Serena Polana e a Fábrica Têxtil Moztex, assim como a Academia Aga Khan.
Em 2010, foi assinado um Protocolo de Cooperação com a Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP) no sentido de promover a cooperação mútua e melhorar a qualidade de vida das populações mais desfavorecidas em todos os países da CPLP. Também foi assinado em 2010 um Protocolo de Intenções com o Governo do Brasil para apoiar ações de cooperação com o intuito de estimular o progresso social e económico de países em desenvolvimento.
