Hakim Wazir-Khan, le subedar (gouverneur) de la province de Lahore sous le règne de l'empereur Shah Jahan, a fait édifier cette mosquée et ses structures associées entre 1634 et 1635. À cette époque, il s'agissait de la plus grande mosquée de Lahore.
Le complexe comprend la mosquée elle-même, le chowk Wazir-Khan (lieu d'intersection urbain) et une double rangée d'ateliers. Les ornements architecturaux qui embellissent les surfaces extérieures et intérieures de la mosquée forment un atout exceptionnel qui place la mosquée en première ligne des principaux monuments du monde. Le Trust Aga Khan pour la culture (AKTC) a entamé une restauration progressive de la mosquée et les travaux sont en cours.