AKES стремится к достижению совершенства путём постоянной оптимизации своих программ, услуг и процессов. Предоставление учащимся высококачественного образования является, пожалуй, самым важным фактором в обеспечении успешного будущего для подрастающих поколений, которым придётся адаптироваться к стремительно меняющимся условиям. Если рассматривать систему в целом, для деятельности Служб Ага Хана по образованию были характерны следующие основные особенности:

• постоянное стремление к совершенству в образовательной практике и поддержание организационных процессов в различных сложных условиях;
• применение методов обучения, ориентированных на детей;
• уделение особого внимания женскому образованию;
• осуществление подготовки педагогов на базе школ.

В настоящее время к крупным инициативам в рамках всей системы относятся:

• внедрение компьютеров и дистанционного образования для совершенствования методов обучения;
• совершенствование физической инфраструктуры, в частности общинных школ;
• повышение квалификации педагогов на базе Института развития образования при Университете Ага Хана;
• восточноафриканская образовательная инициатива по содействию координации программ, выявлению передовых методов обучения и повышению качества обучения, развитию политического диалога по вопросам приватизации школ, повышению квалификации и мотивации педагогов, а также ускорению внедрения методов обучения с использованием компьютерных технологий;
• разработка программ по обучению английскому языку и экономике в отдельных университетах Центральной Азии на базе Образовательного фонда Ага Хана;
• сотрудничество с ведущей частной школой США, Академией Филлипса в Андовере, для оптимизации программ AKES в области естественных наук, математики, экономики, английского языка и технологий.